1.注冊會計師審計的委托主體缺位，注冊會計師的作用難以有效發揮。注冊會計師是市場經濟發展到一定階段，所有權與經營權分離帶來的產物。但從實踐看，雖然從理論和制度上明確了國家是企業的所有者，企業廠長（經理）是受托經營者，而實際上國家由誰代表并不明確，企業的法人代表往往既是董事長又是總經理，經營權與所有權未得到實際分離，完全體現為公司經理人委托會計師事務所審計自己編報的財務報告。這樣勢必形成事務所央求企業進行審計的委托倒置局面，造成注冊會計師作用難以發揮。
2.政府干預審計業務的現象仍然十分普遍。事務所脫鉤改制的完成以及清理整頓經濟鑒證類社會中介機構工作的進行，雖然使部門分割、行業壟斷的問題有所改觀，但是政府干預注冊會計師審計業務的現象仍然存在。在審計業務的執行上，企業經營者往往出于自身“業績”的考慮或迫于政府領導部門“政績”需求的壓力而通過編造利潤或產值指標等不正當手段來粉飾會計報表。而企業又往往將此種無奈轉嫁到注冊會計師身上。在這種環境下進行審計，注冊會計師不得不在權與法之間走“鋼絲繩”，一不小心，就會成為代人受過的替罪羊。另外，由于政府部門職能轉變不到位及相互間協調不夠，對于同一企業的同一張會計報表，經常會出現多個部門的確認。由于各個部門考核的角度與目的不同，其評價結果往往不盡相同，甚至大相徑庭。由此引起政府部門對注冊會計師的誤解或者不信任，甚至橫加責難。甚至有的政府部門還以此為由強行指定企業由一個或幾個會計師事務所審計，人為造成業務壟斷的行業不正當競爭。
行業自律監管與自律發展的內在需求不一致的矛盾
在完成會計師事務所的脫鉤改制以后，行業對自律管理、服務協調的需求越來越強烈，但我們各級協會還是部門所屬的事業單位，要受行政事業單位有關法律法規政策的約束，在真正代表行業利益方面也要受諸多制約。同時，自律監管應是協會對行業會員的自我管理、自我約束、自我規范、自我促進。但現行《注冊會計師法》、《違反注冊會計師法處罰暫行辦法》等法律規章不僅未能明確劃分行業行政監管和自律監管各自的職責范疇，反而把一些本應屬于行業內的自律性懲戒行為全部上升到了行政處罰，留給行業協會自律監管的空間就很小。協會在執業質量、職業道德甚至注冊方面發現的問題，無法給予會員相應的紀律處分。自律監管與自律的內在需求產生了矛盾。
行業不斷變化發展與宏觀層次管理滯后的矛盾
1.現行法律法規不健全，很多內容也已滯后于實踐發展。對于當前行業的一些重大改革舉措，未能及時通過法律法規的形式予以規范，導致了許多改革的變形或走樣。比如脫鉤改制后，原事務所的風險基金何時可以處置，如何進行處置，業務檔案的保管期限和法律追溯期限到底如何確定，原部分脫鉤改制時職齡內的注冊會計師是事務所的發起人，現已超出執業年齡，這部分人又如何處置；現有有限責任事務所改制為合伙所時，其內部合伙人的產生方式，原有事務所的商譽確定以及股權的回購等。這些都急需從法律、法規上予以明確和解決。
2.現行法律法規之間規定的不一致，導致行業管理的混亂。如《注冊會計師法》規定注冊會計師可依法執行法定業務，執業資格無須經過其他部門認可，但現實卻是注冊會計師要執業；除取得注冊會計師執業資格以外，還要考試取得其他十多種資格，如價格鑒證、司法鑒證、工商代理等，相應地管理注冊會計師的部門也多起來了。某些行政管理部門總是試圖對會計師事務所的業務資格和范圍進行二次認定，說到底是在為自己找權力尋租機會。加之注冊會計師隊伍本身素質參差不齊，一些注冊會計師和事務所出于自身經濟利益考慮，用好處費、回扣等方式通過政府部門爭攬客戶，導致一些國家工作人員在實際工作中對不同的會計師事務所厚此薄彼。這種混亂管理局面的存在，對注冊會計師執業環境造成極大破壞，嚴重擾亂了會計市場秩序。
3.對注冊會計師法律責任規定的不一致，帶來司法訴訟中的諸多問題。在《證券法》和《注冊會計師法》中，強調的是注冊會計師的工作程序與應承擔法律責任之間的因果關系，這實際考慮了注冊會計師自身能力局限性的影響，只要注冊會計師對自己的過失行為承擔責任；而《公司法》、《刑法》、《關于懲治違反公司法的犯罪的決定》以及《股票發行與交易管理暫行條例》則強調的是注冊會計師的工作結果與應承擔法律責任之間的關系，這實際上把注冊會計師的工作結果視為對相關會計信息的絕對保證，而不再是合理保證和公允反映，使得注冊會計師的審計責任無限擴大，承擔了企業負責人和會計人員應負的會計責任。
幾點思考
要解決上述問題，必須根據實際，積極改進與完善注冊會計師行業的監管模式，為建立行業自律監管體制創造完備的法律條件和組織保證。具體來講，應采取以下措施：
1.加快修改《注冊會計師法》和相關法律法規制度，健全和完善行業法律體系。結合當前《注冊會計師法》的修訂，協會要積極與各界溝通和協調，通過修法、立法的形式將注冊會計師的法律責任進一步明確下來，清除制約注冊會計師行業發展的法律障礙，并通過修改法律嚴格區分與界定政府行政監督與行業自律監管各自的職責范圍，完善行業自律管理體制。
2.加強事務所業務質量評價體系建設，豐富和完善行業監管手段。改變行業監管的被動局面，要對事務所的執業質量從總體上進行把握和評判，建立事務所審計報告的備案制度，在此基礎上建立業務質量評價體系，利用科學的量化指標對執業機構的業務質量排出優劣順序，以此作為建立注冊會計師退出機制的基礎依據。并逐步促使政府部門改變多頭檢查事務所業務質量的做法，研究行業和政府有關部門聯手檢查的協作制度。
3.建立行業自律檢查和懲戒機制，強化會員的自律意識和自律水平。通過建立和完善行業自律檢查和懲戒機制，加強自律監管組織和制度建設，并充實監管力量，完善對任職資格、執業行為和職業道德情況的自律檢查，加強對重點審計領域的監督，關注事務所變更，保證會員執業的獨立性，加大對出賣審計意見、惡性壓價、相互拆臺、同行詆毀等不正當競爭行為的自律監管和懲戒，進一步完善談話提醒制度，不斷提高對會員的約束和監管力度，對執業機構的組織形式和內部運行機制進行研究并提供指導，規范其內部管理，理順運行機制，構造行業發展的微觀基礎。
4.必須加強會計師事務所體制建設，積極推進有限責任事務所向合伙制經營方式過渡。實踐證明，當前我國絕大多數事務所采取的有限責任組織形式，并不適合會計師事務所這一“人合”組織。在實際運作中，這種組織形式已經對事務所的內部決策、人事管理、利益分配等帶來不同程度的負面影響，直接導致了事務所內訌嚴重、質量不高、信譽低下等現實問題。在推動事務所轉型的過程中，要研究現有有限責任會計師事務所向合伙制過渡的合適途徑和具體方案。在此同時要加強對主任會計師、發起人的變更管理，嚴格其思想素質和業務素質的考核。
5.加強行業協會建設，以適應注冊會計師行業改革和發展的需要。要按照市場經濟運作規則，理順管理權限，完善協會的組織機構建設，本著效率、合理、精干的原則配備協會領導班子，把懂專業、會管理、年富力強、有事業心的干部充實到協會，建立起政治過硬、道德水平高、專業精通的協會工作隊伍，同時要建立和完善行業協會的專業委員會制，并從組織上、人力上加強行業監管力量。
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